虽然每一个风险合作公司的运作程序都有所不同，但总的来说，基本上都包括以下几个步骤：
一、 初审
拿到经营计划摘要后，用很短的时间走马观花的看一遍，以决定在这件事上花时间是否值得。
二、风险合作家之间的交流
相关的风险合作商定期在一起，对通过初审的项目建议书进行研究，决定是否需要进行面谈，或回绝。
三、面谈
如果风险合作家对创业者的项目感兴趣，会邀请创业者面谈，这是整个过程最重要的一次会面。
四、责任审查
如果初次面谈成功，风险合作家将通过严格的审查程序对意向中的企业技术、市场潜力和规模以及管理部门进行仔细的评估，这一程序包括与潜在的客户接触，进行技术咨询并与管理部门举行几轮会谈。
五、条款清单
如果风险合作家认为所申请的项目前景看好，那么便可以开始进行合作形式和估计的判断。通常创业者会得到一个条款清单，概括出涉及的内容，这个过程要持续几个月。
六、签定合同
总的来说，早期风险合作大，潜在利润高，晚期合作风险小，但获利少。风险合作家力图使他们的合作回报与承担的风险相适应，根据具体情况，风险合作家对未来 3-5年的合作价值分析，首先计算其现金流或收入预测，而后根据对技术、管理部门、技能、经验、经营计划、知识产权及工作进展的评估，决定风险大小，选取适当的折现率，计算出其所认为的风险企业的净现值。 通过讨论后，进入签定协议的阶段。一旦最后的协议签定完成，创业者便能得到资源。在多数协议中，还包括退出计划。
七、合作生效后的临管
合作生效后，风险合作家便有了风险企业股份，并在董事会中占有席位。多数风险合作家在董事会中扮演咨询的角色。作为咨询者，他们主要就改造经营机制以获取更多利润提出建议，定期与创造者接触以跟踪经营情况，定期审查会计师事务所提交的财务分析报告。 为了减少风险，风险合作家们经常联手合作一个项目，这样一来减少了风险，二来也为风险企业带来了更多的咨询资源，而且为风险合作企业提供了多个评估结果，降低了误差。