通常风险合作交易始于风险合作公司对商业计划书的筛选到交易的完成，以至最终风险资源的退出。具体可分下列几个程序：
1. 初次筛选(Initial Screening) 风险合作公司每天都收到大量的执行总结和商业计划书。在初次筛选时合作专家通常只看执行总结或商业计划书的执行总结部分，每份通常大约只花几分钟时间。一旦发现他们感兴趣的他们才会花一些时间看完整个商业计划书，或要求创业者提供完整的商业计划书。
2. 项目审议(Due Diligence) 风险合作公司对感兴趣的商业计划书提交给其合作小组进行初步审议。通过了初步审议，风险合作通常会建立一个项目评估小组，对项目进行进一步全面的审议。他们会向申请风险合作的企业要求更全面的企业背景资料，通常包括：
注册登记文件
企业章程
董事会和股东资料
董事会纪要
重要的业务合同
法律和财务方面的合同
详细财务报告
资产清单
知识产权方面的文件
管理团队的背景资料和员工方面的情况
法律诉讼和保险方面的资料
政策法规等方面资料
审议将会涉及的方面有：
行业审议、技术审议、市场审议、财会审议、法律审议
3. 项目谈判(Negotiation) 风险合作公司的项目评估小组下一步将与企业的管理层或创业者就有关问题进行谈判。涉及到的主要问题通常包括：
合作形式、将来合作、资源使用、股本结构、股权转化价格、股权注册权限、其他股东的义务、上市、董事会组成、核心人员招募、财务状况披露、股份购买协议、交易达成的前提条件、排他性、交易费用
4. 交易完成(Deal Close) 风险合作公司将与合作企业或创业者签署有关的法律文件，这些文件通常需要有关的律师来准备。同时涉及到对企业的现有章程进行修改，并须报有关部门批准和备案等。
从初次筛选到交易完成通常需要90天-150天。
5. 项目跟踪(Monitoring) 风险合作公司的一名合伙人或合作专家将参与所合作企业的董事会，跟踪项目的实施，商业计划的执行情况，经营管理情况等，同时帮助企业制定有关的商业策略、进一步合作计划和提供一切必要的支持。风险合作公司也会全力以赴地帮助企业，使其风险合作获得成功，资源最大限度地增值。这种跟踪和帮助直至风险资源退出合作的企业。
6. 风险资源的退出(Exit) 风险资源到一定的时间必须退出，通常为5年-7年，甚至达10年。通过退出来实现资源增值的价值。退出的途径主要有：上市、被并购、资源重组、被企业回购。